Parafię założył wielki mistrz krzyżacki Theodoryk von Altenburg w roku 1300. W 1339 roku wybudowano kościół, który ocalał jako jedyna budowla w miejscowości w czasie wojny polsko - krzyżackiej w 1414 r. Wojny szwedzkie oraz zarazy wyniszczyły ludność, co spowodowało przyłączenie miejscowości do parafii w Płowężu. W latach 1688 - 1692 kościół w Lipinkach został gruntownie odnowiony i przebudowany. W tym czasie świątynia wzbogaciła się m. in. o wieżę. Liczne wota świadczą o istniejącym w parafii kulcie Matki Bożej z Dzieciątkiem.